农业农村部农业环境微生物重点实验室，溯源我国著名微生物学家樊庆笙教授创办的农业微生物研究室，依托南京农业大学建设，2011 年作为专业性实验室纳入农业微生物资源利用综合性重点实验室体系，2014 年获农业部正式批复立项改扩建，是我国农业环境微生物领域重要的省部级科研平台。
实验室紧扣农业绿色发展与生态安全重大需求，聚焦农业生态环境微生物保护、作物杀虫抗病微生物资源挖掘、农业环境污染生物修复等方向，开展基础理论与应用技术研究，致力于为我国农产品质量安全、农田生态保育与农业绿色高质量发展提供理论支撑和核心技术保障。
实验室人才队伍结构雄厚，现有固定科研人员 47 人，其中教授 23 人、副教授 18 人。高层次人才梯队完备，拥有国家杰出青年、重点研发计划首席科学家、国家万人计划人选、现代农业产业技术体系岗位科学家、优秀青年基金获得者、青年千人等一批学术骨干，科研创新实力突出。
科研硬件条件优越，实验室现有使用面积约 4000 平方米，仪器设备固定资产总值 2800 余万元。依托专项建设配置了激光共聚焦显微镜、超高效液相色谱仪、质谱检测器、荧光定量 PCR 仪等高端精密仪器，建有完善的公共实验平台及农药残留微生物降解技术成果转化基地，集科学研究、人才培养、技术研发与成果转化于一体，已成为华东乃至全国农业环境微生物领域学术研究、高端人才培养和产学研协同创新的核心基地。
