一、部省级工程技术研究中心
| 机构名称 | 负责人 |
| 农业部农药残留微生物降解研发基地 | 李顺鹏教授 |
二、省部级重点(开放)实验室
| 机构名称 | 负责人 |
| 农业部农业环境微生物工程重点开放实验室 | 崔中利教授 |
三、部批研究所（室）
| 机构名称 | 负责人 |
| 杂草研究室 | 强胜教授 |
| 农业微生物研究室 | 李顺鹏教授 |
四、校级重点实验室
| 机构名称 | 负责人 |
| 植物生理研究所 | 沈振国教授 |
| 南京农业大学-日本东京大学联合实验室 | 沈振国教授 |
| 杂草研究室 | 强胜教授 |
| 环境能源工程研究所 | 李顺鹏教授 |
| 污染物生物治理工程技术中心 | 李顺鹏教授 |
| 农业微生物研究室 | 朱军教授 |